Spirit Tracks är det femtonde spelet i Zelda-serien och utspelar sig ungefär 100 år sedan Phantom Hourglass.

Link är nybliven lokförare, och ska bege sig till Hyrule Castle för att få sitt certifikat av prinsessan Zelda, när hon i smyg ber honom att köra henne till Tower of Spirits, väl där kommer det fram ett mystiskt svart moln, och alla rälsar i Hyrule försvinner...

Det finns längre inga båtar att åka runt på The Great Sea med, utan nu kör man runt med tåg. Annars är systemet som i Phantom Hourglass, man styr spelet via touchscreen, Link går dit du pekar, han slår genom att du hugger mot fiender och han använder föremål genom att du pekar där du vill använda dem. Likt Phantom Hourglass så väljer du vart på kartan du vill åka, och på rälserna kan du stöta på en mängd fiender...