Phantom Hourglass är det fjortonde spelet i The Legend of Zelda-serien, och det första till Nintendo DS. Spelet är en direkt fortsättning på The Wind Waker och har samma sorts grafik.

Spelet handlar i stort om att Tetra, efter händelserna i WW, bestämt sig för att hitta en legendarisk skatt ombord på "The Ghost Ship". När hon väl tar sig ombord hörs ett skrik och Link hoppar efter, men får bara tag i relingen och trillar sedan ner i vattnet. Efter att han blev hittad av en fé vid namn Ciela börjar hans äventyr.

Hela spelet styrs via touchscreenen. Link går dit du pekar, han slår genom att du hugger mot fiender och han använder föremål genom att du pekar där du vill använda dem. Man har en båt, precis som i WW, även om det är en ångbåt den här gången. Man har en karta man kan skriva på, och Phantom Hourglass, som spelets titel är baserad på, gör ens visiter i spelets länsta tempel ännu mer spännande.